Группа Альфа спецназ КГБ СССР и ФСБ России
Михаил Васильевич Головатов (23 августа 1991 – 26 июня 1992), полковник в отставке.
Геннадий Николаевич Зайцев (4 июля 1992 – 31 января 1995), генерал-майор в отставке, Герой Советского Союза.
Александр Владимирович Гусев (31 января 1995 – 8 октября 1998), генерал-лейтенант запаса.
Александр Иванович Мирошниченко (8 октября 1998 – 18 декабря 1999), генерал-лейтенант.
Валентин Григорьевич Андреев (18 декабря 1999 – 19 июня 2003), генерал-лейтенант запаса.
Владимир Николаевич Винокуров (20 июня 2003 – 19 марта 2014), генерал-майор.
Герой Российской Федерации Валерий Владимирович Канакин (19 марта 2014 – июль 2019), генерал-майор, Герой Российской Федерации.
Кирилл Владимирович Курносов, полковник.
Заместители командира (заместители начальника управления):
Роберт Петрович Ивон (29 июля 1974 – апрель 1977; ноябрь 1977—1984), полковник.
Михаил Михайлович Романов (10 августа 1977—1980), полковник.
Владимир Александрович Туманов (1982—1989), полковник.
Валерий Петрович Емышев (1982—1988), заместитель начальника по политико-воспитательной работе), полковник запаса.